CHARMM-GUIに共有結合リガンドのドッキングを自動化するWebモジュール
- CGUI-CLDはAutoDock4を基盤とするCHARMM-GUIの新モジュールで、共有結合リガンドの準備、修飾、ドッキング計算を自動化する。
- 知識ベースのライブラリは66種のウォーヘッドと8種のアミノ酸に対応し、反応後のリガンド構造を手作業で作る必要がなくなる。
- 結果はブラウザ上のインターフェースで確認できる。
💡 ポイント
共有結合ドッキングは私の探索がよく止まる工程で、ウォーヘッドごとに結合付加体を作るのが面倒なため、つい勘で絞り込んでしまう。ブラウザ上で処理してくれるなら、システインポケットに対するウォーヘッド一式を午後のうちに順位付けできる。ただしスコアは反応性を捉えないので、速度論データと組み合わせたい。
CHARMM-GUI Covalent Ligand Docker as a Web-Based Molecular Docking Platform for Covalent Ligands ↗