CHARMM-GUI新增自动化共价配体对接的网页模块
- CGUI-CLD是基于AutoDock4的CHARMM-GUI新模块,可自动完成共价配体的制备、修饰与对接计算。
- 知识库涵盖66种弹头和8种氨基酸,无需再手工构建反应后的配体构象。
- 结果通过浏览器界面呈现。
💡 要点
共价对接是我自己项目常卡住的环节:为每个弹头构建成键加合物很繁琐,只好凭直觉筛选。有了能在浏览器里处理的工具,一个下午就能把整套弹头对半胱氨酸口袋排序。对接打分反映不了反应活性,所以仍需配合动力学数据。
CHARMM-GUI Covalent Ligand Docker as a Web-Based Molecular Docking Platform for Covalent Ligands ↗