AlphaFoldのポケットは多くがリガンド結合型に近く、この偏りがポケット検出とドッキングの成否を左右する
- 多数のタンパク質について、AlphaFoldが予測した各ポケットを、同じ部位の実験構造に見られる非結合(アポ)型とリガンド結合(ホロ)型の間のどこに位置するかで評価した。
- 大半のポケットはホロ型に近く、これはPDBにおける実験構造の偏りを反映していた。
- 後ろ向き解析では、結合部位予測法と本来のリガンドを用いたドッキングは、ホロ型に近いポケットで成績が良く、アポとホロの差が大きい部位ほどその差が顕著だった。信頼度スコアが示すのはポケットの変動性であり、状態ではない。
- ドッキングへの適性を判断できるよう、ポケットごとの分類結果が公開されている。
💡 ポイント アブストラクトに基づく見解
予測ポケットの大半がホロ型の側にあるため、AlphaFoldを使ったドッキングのベンチマークは、予測力よりPDBの偏りを評価している面がある。そのため、公開されたポケットごとのラベルは、モデルにドッキングする前のトリアージとして手軽に使える。ただし解析は後ろ向きで本来のリガンドに限られ、新規骨格での挙動は未解明のままだ。
A tale of two states: AlphaFold binding pockets on the apo-holo continuum ↗