AlphaFold预测的口袋多偏向配体结合态，这一偏倚会明显影响口袋检测与对接成功率
- 研究针对大量蛋白质，将AlphaFold预测的每个口袋放到同一位点实验结构所呈现的未结合(apo)态与配体结合(holo)态之间进行定位。
- 多数口袋更接近holo态，这与PDB中实验结构的分布偏向一致。
- 回顾性分析显示，结合位点预测方法和使用天然配体的对接在类holo口袋上表现更好，apo与holo差异越大，差距越明显。置信度评分反映的是口袋的变化程度，而非所处状态。
- 作者公开了逐口袋的分类结果，以帮助判断其是否适合用于对接。
💡 要点 基于摘要的观点
由于大多数预测口袋偏向holo态，基于AlphaFold的对接基准在一定程度上奖励的是PDB偏倚，而非预测能力。因此公开的逐口袋标签可以作为对接前的筛查步骤。不过分析是回顾性的，且只涉及天然配体，面对新骨架时表现如何仍是未知数。
A tale of two states: AlphaFold binding pockets on the apo-holo continuum ↗