アポ構造の側鎖だけを重点的にサンプリングすると、ドッキングの結合ポーズ回収率が大きく向上
- ポケット周辺の側鎖ねじれ角をモンテカルロ法で摂動し、主鎖拘束下の短いMD緩和を挟むことで、未結合構造から受容体アンサンブルを作成する。
- 数百のプロテアーゼ複合体を用いた後ろ向き評価で、アポ構造や拘束あり・なしのMDアンサンブルと比較した。
- 側鎖の動きが大きい複合体を中心に、正しいポーズを回収できる例が明確に増え、ポケット形状も現実的な範囲に保たれた。ただし改善はポーズ被覆率という最良ケースの指標であり、ランキングやスクリーニングへの有効性は未検証。
💡 ポイント アブストラクトに基づく見解
ポーズ回収率が上がれば、スクリーニングも良くなるのか。まだ言えない。被覆率はアンサンブルのどれか1つが正解ポーズを出せば成功と数えるため、構造数が多いほど有利になる。数を揃えた対照やデコイに対する濃縮率がなければ、改善の価値は測りにくい。次は既知活性体と性質を揃えたデコイをドッキングし、濃縮が良くなるか偽陽性が増えるかを見たい。