仅针对载脂(apo)结构的侧链进行采样,对接结合构象的召回率明显提升
- 该方案通过蒙特卡洛方法扰动口袋侧链扭转角,并穿插骨架约束下的短时分子动力学弛豫,从未结合结构生成受体构象集合。
- 研究在数百个蛋白酶复合物上进行回顾性评估,并与apo受体及有、无约束的分子动力学构象集合作比较。
- 能够召回正确构象的复合物明显增多,在侧链位移较大的体系中尤为突出,且口袋几何保持合理。但这些提升反映的是最优情形下的构象覆盖,对前瞻性排序和虚拟筛选的价值尚待验证。
💡 要点 基于摘要的观点
构象召回率上升,就等于筛选效果更好吗?目前还不能这么说。只要集合中有一个成员对接出正确构象就算成功,集合越大,尝试机会越多。缺少规模匹配的对照或诱饵富集分析,这一提升很难估价。下一步可把已知活性分子和性质匹配的诱饵对接到这些集合中,看富集是否改善、假阳性是否增多。