1本のMD計算から変異による構造集団の変化を予測
- 1つの参照MDアンサンブルを状態ごとに再重み付けし、変異による立体構造集団の再分配を予測する。変異体ごとに収束した新規シミュレーションを走らせる必要がない。
- サンプリングデータで裏付けられない予測を知らせる診断機能を備える。
- モデルペプチド、ミニタンパク質、T4リゾチーム、EGFRキナーゼドメインで検証。参照の自由エネルギー地形が十分にサンプリングされている場合に限り適用できる。
💡 ポイント アブストラクトに基づく見解
再重み付けが本当に効くなら、変異体パネルにアルケミカルFEPの計算資源を投じる前の、安価なトリアージとして使いたい。予測される集団シフトで変異体を順位づけし、効いてきそうなものだけフルシミュレーションに回せばいい。ただし精度は参照ランのサンプリング範囲次第なので、ベンチマークの数字より内蔵の診断機能のほうが重要だ。まずは手元にデータのあるキナーゼのDFG-in/out問題で試したい。