利用单次分子动力学模拟预测突变引起的构象分布变化
- 对单一参考分子动力学系综按构象状态逐一重新加权,预测突变如何重新分配构象群体,无需为每个突变体重新运行收敛的模拟。
- 内置诊断功能,可标出采样数据无法支持的预测。
- 在模型肽、小型蛋白、T4 溶菌酶和 EGFR 激酶结构域上进行了基准测试;仅适用于参考自由能景观采样充分的情形。
💡 要点 基于摘要的观点
如果这种重新加权真能站得住,我会把它当作在变异体组合上投入炼金术式 FEP算力之前的低成本筛选步骤:先按预测的群体偏移给突变排序,只对真正要紧的几个跑完整模拟。麻烦在于它的上限取决于参考轨迹的覆盖度,所以内置诊断比任何基准数字都更值得看。我会先拿手头已有数据的激酶 DFG-in/out 问题来试。