归档 · 2026年 · 2026年11月

2026-11-05 每日摘要

2026-11-05

今日共收录31篇:药物化学7篇、药理9篇、计算与AI药物发现8篇、行业新闻7篇。亮点包括AbbVie最高14.7亿美元引进Nxera肠道靶向EP4激动剂、Compass即将提交COMP360的FDA申请,以及Servier的sevasemten II期试验失败。

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药物化学

7篇

纳呋拉啡类似物实现外周偏向的κ阿片类镇痛

  • 把纳呋拉啡的呋喃侧链换成各种芳香基团,得到一系列类似物,它们都保持了较强的KOR结合力和完全激动活性,多数呈G蛋白偏向性信号。
  • 重点化合物10在热痛测试中无效,却在醋酸扭体实验中表现出很强的KOR介导镇痛,还缓解了结肠炎模型的结肠超敏,且未见明显的活动量下降。
  • 药代研究显示它是P-糖蛋白底物、脑暴露有限,与可避开中枢副作用的外周受限特征相符。
💡 要点基于摘要的观点

P-糖蛋白底物的身份能解释脑暴露为何有限,但这只是一种属性,并不等于安全性好就是外周受限带来的。给药时合用P-gp抑制剂或改用敲除动物,就能看到中枢作用和镇静类风险是否重新出现。之后还应把偏向性与药效同其他外周受限型KOR激动剂放在一起比较。

Design, Synthesis, and Pharmacological Characterization of Novel Kappa Opioid Receptor Agonists via Isosteric Replacement Strategy for Inflammatory Pain ↗

基于结构设计的泛YTHDF m6A阅读蛋白抑制剂及其在AML细胞中的活性

  • 基于结构的设计得到泛YTHDF抑制剂34,它不作用于近缘的YTHDC1和YTHDC2;YTHDF2与该系列多个化合物的复合物晶体结构支持了这一设计。
  • 依据这些结构,研究者做出抑制剂31及其甲基化的无活性类似物31b,作为抑制剂与阴性对照的一对;细胞热位移实验表明34和31能在细胞内结合靶点,31b则不能。
  • 两个活性化合物都减缓了AML细胞系的生长;31抑制YTHDF后,TNFRSF1B转录本的水平和稳定性上升,THP-1细胞对TNF-α诱导的毒性也更为敏感。
💡 要点基于摘要的观点

活性体加甲基化无活性体的配对,正是化学探针应有的配置,也让TNFRSF1B的发现更可信。不过泛YTHDF抑制无法区分各旁系同源蛋白的作用,AML增殖受抑是否确由靶点介导,还得靠YTHDF2敲除或结合位点突变体回补实验来检验。

Structure-Based Design of Potent Pan-YTHDF Ligands ↗

靶向疱疹病毒聚合酶辅因子PF-8的KSHV抑制剂

  • 现有的KSHV DNA聚合酶抑制药物疗效有限,作者因此转向与细菌滑动夹相似的持续合成因子PF-8。
  • 围绕一个苗头化合物合成类似物,在再激活的感染细胞中得到数个抗病毒活性中等的抑制剂;生物物理实验和核磁共振证明它们能直接结合PF-8。
  • 最优化合物能抑制病毒DNA复制并降低ORF45表达,叔丁基苯磺酰胺和N-苄基哌嗪被认定为关键结构单元。
💡 要点基于摘要的观点

既然只是直接结合加中等的细胞活性,就还不能断定抗病毒作用确实经由PF-8;结合位点突变体或耐药病毒筛选可以补上这一环。蛋白-蛋白界面的口袋构效关系常常偏平,叔丁基磺酰胺究竟是在提高亲和力,还是仅仅增加了脂溶性,也需要分辨清楚。

Discovery and SAR Studies of Viral Processivity Factor 8 (PF-8) Inhibitors as Anti-Kaposi’s Sarcoma-Associated Herpesvirus (KSHV) Agents ↗

片段连接策略获得可口服的疟原虫NMT抑制剂

  • 筛选苗头与间日疟原虫NMT的共晶结构揭示了一种新的结合模式,片段协同性实验则指出了值得连接的片段组合。
  • 调节酚醚连接子的扭转角,使活性与选择性达到平衡,由此得到早期先导化合物IMP-1002。
  • IMP-1002在小鼠疟疾模型中口服有效,对血液期和肝期疟原虫都有很强活性;额外引入一个氟原子后,还得到了IMP-1088等活性极强的人源NMT抑制剂。
💡 要点基于摘要的观点

片段连接在疟原虫NMT这块骨架扎堆的领域里打开了一种新的结合模式,很有价值。隐患是同一个氟原子也让人源NMT受到极强抑制,所以应先仔细测定原虫与宿主之间的选择性窗口。在推进IMP-1002之前,还要核实晶体中的连接子扭转偏好在溶液中是否依然成立。

Discovery of Potent Orally Active Plasmodium N -Myristoyltransferase Inhibitors Using Fragment-Linking Approaches ↗

筛选发现多种PYCR1抑制剂及多个结合位点,包括共价口袋

  • 对大型化学生物学化合物库和一组聚焦的激酶抑制剂进行筛选,得到远超一百个经验证、骨架各异的PYCR1抑制剂,部分活性达亚微摩尔水平。
  • 晶体结构显示,多数配体结合在催化位点之外,由此暴露出多个可成药区域,其中包括一个可共价靶向Cys262的新口袋。
  • 在另一个变构位点,配体把Gln10挤开并干扰NADH结合;源自激酶抑制剂的苗头大多为混合型抑制,只有一例与NADH竞争,可作为探针和新一代抑制剂的起点。
💡 要点基于摘要的观点

这更像一张可成药性图谱,而不是先导化合物清单:上百个跨骨架的苗头说明了PYCR1哪里可以下手,却没有指明该推进哪一个。Cys262口袋要看kinact/KI和全蛋白质组范围的半胱氨酸选择性;源自激酶库的苗头则须先对PYCR2/3和激酶组做反向筛选,才谈得上称为探针。

Discovery of Potent and Chemically Diverse PYCR1 Inhibitors with Distinct Binding Sites and Modes of Action ↗

噻吩连接的核苷酸类似物选择性抑制疟原虫嘌呤补救酶

  • 疟原虫HG(X)PRT的活性位点与人源酶十分相似,研究者便借助建模和构象分析,引入一个刚性噻吩核心来固定模拟磷酸的基团朝向。
  • C5位磺酰基大幅提升了对恶性疟原虫酶的活性,先导化合物66相对人源酶表现出很高的选择性。
  • 连接子长度会改变对不同虫种的偏好,化合物63对间日疟原虫最强;不过细胞活性依然偏弱,胞内递送或前药策略仍是主要障碍。
💡 要点基于摘要的观点

酶水平达到纳摩尔而细胞里很弱,是磷酸模拟物常见的陷阱:换来亲和力的带电基团恰恰牺牲了透膜性。投入前药开发之前,先要分清细胞活性的落差源于摄取不足,还是源于补救途径通量高带来的底物竞争,同时也该与针对同一批酶的早期无环核苷膦酸类抑制剂对标。

Thiophene-Linked Nucleotide Analogues as Selective and Nanomolar Inhibitors of Plasmodial 6-Oxopurine Phosphoribosyltransferases ↗

优化的HBV衣壳组装调节剂XT1061完成I期临床

  • 研究者对此前的衣壳组装调节剂GLP-26进行结构优化,得到化合物39(即XT1061),其在细胞中的抗HBV活性很强。
  • 在AAV/HBV小鼠模型中,它迅速降低HBV DNA,并在给药期间维持抑制;与甲磺酸普拉德福韦联用,疗效明显优于任一单药。
  • 临床前研究和I期试验显示其类药性良好、安全性顾虑较小,为面向功能性治愈的开发提供了依据。
💡 要点基于摘要的观点

这是在GLP-26基础上的渐进式改进,风险相对较低,真正要回答的是它与早期衣壳组装调节剂有何差异。除DNA抑制外,cccDNA和表面抗原等指标更值得关注。小鼠模型难以反映cccDNA生物学,因此与普拉德福韦联用是否真正协同,还要另行验证。

Discovery of XT1061, a HBV Capsid Assembly Modulator, as a Promising Therapeutic Candidate for Clinical Treatment of HBV Infection ↗

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药理

9篇

靶点鉴定提示钙蛋白酶-2介导丹参素钠在再灌注后的心脏保护作用

  • 研究结合蛋白芯片与质谱蛋白质组学、热位移和蛋白稳定性实验以及分子对接,确认钙蛋白酶-2是丹参素钠的直接结合靶点。
  • 钙蛋白酶-2在心脏中高表达,通路富集分析提示其活性与再灌注后的心肌细胞凋亡相关。
  • 在小鼠冠脉结扎再灌注和细胞缺氧复氧模型中,该化合物减轻了损伤,选择性钙蛋白酶-2抑制剂也得到相似的保护效果。
💡 要点基于摘要的观点

选择性钙蛋白酶-2抑制剂能复现保护效果,就算证明了机制吗?仅凭这点还不够。钙蛋白酶-1与-2在药理上出了名地难以区分。缺失的实验是在CAPN2敲低或敲除的心脏中给予丹参素钠,若保护作用消失,靶点才算坐实。在称其为先导物之前,我还想看到结合亲和力以及有效剂量下的心脏暴露量。

Calpain‐2 as a therapeutic target for sodium danshensu in mitigating myocardial ischaemia–reperfusion injury ↗

氯氮平联用D-环丝氨酸为何适得其反:大鼠NMDA功能低下模型中突触外谷氨酸信号过度激活

  • 长期给予MK-801以模拟NMDA受体功能低下后,大鼠眶额皮层的刺激诱发谷氨酸与D-丝氨酸释放减弱,GluN2A/GluN2B表达下降,静息时细胞外水平却升高,并出现类快感缺失行为。
  • 氯氮平或D-环丝氨酸单用可改善行为并恢复诱发释放,但不改变静息水平和受体表达。
  • 二者联用则使静息水平与受体表达进一步上升、行为更差;再加入美金刚可逆转这些变化。
💡 要点基于摘要的观点

比单药改善更值得追的是联用的风险。诱发释放减弱、静息细胞外谷氨酸反而升高,这是信噪比出了问题,在抗精神病药上叠加NMDA共激动剂需格外谨慎。目前缺少联用的剂量反应,也不知道美金刚的获益在慢性给药下能否维持,毕竟MK-801大鼠只是精神分裂症的粗糙替代模型。

Development of glutamatergic antipsychotics requires efficient synaptic glutamatergic transmission while preventing NMDA receptor down‐regulation and overactivation of extrasynaptic transmission ↗

孤儿受体GPR139暗藏Gs通路,其作用压过Gi/o抑制效应

  • 研究者借助BRET偶联实验、G蛋白敲除细胞系以及第二信使和arrestin检测,系统解析了与精神疾病相关的孤儿GPCR GPR139的信号特征。
  • 该受体可直接偶联Gi/o、Gq/11和G12/13,但常规偶联实验未能检出的Gs通路却能使cAMP升高。
  • 通常情况下Gs效应占主导,只有在缺失Gs时,Gi/o介导的cAMP抑制才会显现。
  • 结构不同的激动剂表现出各异的信号谱,提示存在配体依赖的偏向性。
💡 要点基于摘要的观点

如果在天然细胞中Gs同样占优,那么此前用于筛选GPR139激动剂的各种Gi/o读出,可能一直在误导我们。在称之为偏向性激动之前,我更想看到同一批化合物在真正表达该受体的神经元或组织中的表现,因为那里的Gs比例与过表达的HEK细胞不同。在此之前,值得做的下一步研究,是在相关脑区开展cAMP检测组合。

Systematic profiling reveals broad G protein coupling and context‐dependent modulation of cyclic AMP by the orphan receptor GPR139 ↗

美沙酮与合成大麻素合用加重心脏复极异常,提示潜在致死风险

  • 在检出合成大麻素的死亡病例中,美沙酮是最常同时检出、且具有QT延长风险的药物,而这类合并病例中致死的美沙酮血药浓度似乎更低。
  • 豚鼠离体心脏实验显示,单用美沙酮即可延长QTc,单用5F-ADB则无此作用,二者合用后延长更为明显。
  • 计算模拟与膜片钳实验表明,5F-ADB对hERG通道仅有较弱的抑制,提示这种相互作用可能并不只源于直接阻断该通道。
💡 要点基于摘要的观点

5F-ADB几乎不影响hERG,却仍能放大美沙酮的QTc效应,这很可能不是单纯的通道阻断。更值得先查的是药代:这种大麻素是否抑制了CYP介导的美沙酮清除,从而抬高游离暴露?另外死后血药浓度容易受再分布影响,所谓致死浓度偏低,需要有配对的单用美沙酮对照才站得住脚。

Signal detection and characterisation of a novel drug–drug interaction between methadone and a synthetic cannabinoid receptor agonist ↗

拉迪普罗对多巴胺神经元NMDA受体的抑制只是部分的,高浓度时反而减弱

  • 拉迪普罗是一种GluN2B选择性NMDA受体调节剂,正作为儿童抗癫痫药接受临床研究;研究者在幼鼠中脑切片的多巴胺神经元上用膜片钳记录其作用。
  • 抑制效应只是部分性的,而且出乎意料地随浓度升高而减弱,单通道电流也略有下降。
  • 引入第二个可抵消抑制的结合位点的动力学模型能够解释这些结果,对变构调节剂的设计有提示意义。
💡 要点基于摘要的观点

钟形曲线对暴露-效应研究是个警示:在癫痫模型里,高剂量可能还不如中等剂量。而且新生大鼠黑质神经元只是个很窄的替代体系。若能在皮层或海马含GluN2B的受体上重复同样的曲线,并用突变实验验证所设想的第二结合位点,结论会更扎实。

NMDA receptor subunit‐dependent analysis of radiprodil inhibition in neonatal male rat substantia nigra dopaminergic neurons ↗

晶体结构揭示替那拉本如何阻断RBP4与转甲状腺素蛋白结合并降低血浆RBP4

  • 替那拉本是源自A1120的RBP4拮抗剂,曾有报道称可减缓Stargardt病的黄斑病变进展,但其作用机制此前未公开。
  • 荧光光谱和晶体学研究表明,它与RBP4紧密结合,并竞争性取代结合口袋中的视黄醇。
  • 结合后的RBP4因构象改变和空间位阻,无法再与转甲状腺素蛋白形成复合物。
  • 小鼠单次给药即可显著降低血浆RBP4水平。
💡 要点基于摘要的观点

相比结构本身,药效学读数更有分量。血浆RBP4下降是个干净的标志物,但目前只见于小鼠单次给药。下一步应考察重复给药下暴露量与RBP4抑制的关系,并确认视网膜的视黄醇供应是否同步下降。占据口袋的拮抗剂是否也会作用于其他脂质运载蛋白,同样尚无答案。

Structural and biochemical basis for retinol‐binding protein 4 antagonism by tinlarebant ↗

清醒大鼠可耐受临床同款舌下含服膜剂,药物暴露接近患者水平

  • 啮齿动物的阿片类研究常用与临床不同的给药途径,因此研究者按人体剂量折算,给未麻醉的雄性大鼠舌下给予丁丙诺啡/纳洛酮膜剂。
  • 单次给药后,经LC-MS/MS测得的血浆丁丙诺啡浓度落在患者治疗时报告的范围内。
  • 连续每日给药三周后,肝脏重量有所下降,但血清肝酶和肝组织病理与对照组无差异。
  • 该途径可行且耐受良好,为与临床给药方式一致的临床前研究提供了基础。
💡 要点基于摘要的观点

血浆浓度对得上,只是相对容易的部分。丁丙诺啡在OUD中的价值取决于μ受体的高占有率和缓慢解离,而这些都没有测量。大鼠还会吞下部分膜剂,所以需要一个不含纳洛酮的对照组来区分舌下与胃肠吸收,再加上受体占有率或行为读数,以及雌性动物。肝酶正常但肝重下降,也值得跟进。

Sublingual Buprenorphine/Naloxone Film in Unanesthetized Rats: Feasibility, Tolerability, and Plasma Exposure ↗

靶向心肌RyR2的大环化合物经肝脏CYP3A快速氧化代谢,口服吸收较差

  • 合成大环缩酚肽ent-verticilide可抑制心脏兰尼碱受体RyR2,正被探索用于心律失常的治疗。
  • 在四种动物的肝脏S9组分中,该化合物依赖NADPH被迅速消耗,起主要作用的酶系是CYP3A;代谢产物以氧化类为主,人和大鼠的代谢谱相近。
  • 大鼠实验显示其清除率较高、组织分布广泛而口服暴露量偏低,为后续临床前开发提供了初步的DMPK基础。
💡 要点基于摘要的观点

CYP3A代谢快、口服暴露差,是大环化合物常见的困境,所以应先问:RyR2药理学上值不值得去挽救它。在做任何制剂工作之前,应先用静脉或输注给药在心律失常模型中验证疗效,并建立游离浓度与效应的关系。另外可在体外做CYP3A抑制剂联用试验,评估随之而来的相互作用风险有多大。

Characterizing the Metabolic Fate and Pharmacokinetics of the RyR2 Inhibitor ent-Verticilide ↗

纯化肝摄取转运体研究显示:驱动力来自碳酸氢根外流,而非谷胱甘肽

  • 研究者将人源OATP1B1和OATP1B3这两种负责多种药物肝脏摄取的转运体纯化后重建于人工脂质体中,排除细胞环境干扰,探究其转运的能量来源。
  • 向外的碳酸氢根梯度可驱动底物逆浓度摄取,而谷胱甘肽外排未显示出这一作用;将OATP1B1与ABCG2共重建的实验也支持该结论。
  • 突变第3跨膜螺旋上的His115后,碳酸氢根与摄取之间的偶联消失。绿茶成分EGCG能以底物依赖方式增强OATP1B3转运,且无需其他细胞蛋白参与。
💡 要点基于摘要的观点

脂质体中人为施加的梯度并不等同于肝细胞的生理状态:肝脏中细胞内碳酸氢根受缓冲且随pH变化,驱动力的结论还需要细胞层面的验证。在它改变DDI判断之前,应先验证His115突变体在三明治培养肝细胞中是否同样丧失摄取,以及EGCG的底物依赖性增强是否会改变他汀或胆红素探针的动力学。

Functional Reconstitution of Human OATP1B1 and OATP1B3 in Proteoliposomes: Effect of Bicarbonate Gradients and Substrate-specific Stimulation on Transport ↗

隐蔽口袋预测的性能主要来自蛋白语言模型信号,而非结构信息

  • 固定模型架构和PocketMiner基于分子动力学的小规模训练集,比较了仅几何特征、仅ESM2嵌入以及二者融合的输入。
  • 该比较在CryptoBench以及不同的口袋形成机制上重复进行。
  • 仅用几何特征时表现与随机水平相当,而使用ESM2的变体明显更好,且两者之间无可区分的差异。这表明在数据有限时,几乎全部性能都来自语言模型信号。
💡 要点基于摘要的观点

口袋预测中几何特征只有随机水平,这更像是可疑信号,而不只是一个发现:训练集是小规模MD数据时,我会先排查序列层面的泄漏或标签伪影,再下结论说结构没用。ESM2也许只是记住了同源蛋白。若是如此,用在自家靶点前,应先做按序列聚类的数据划分验证。另外,这只是未经同行评审的预印本。

The Limited Contribution of Structural Information Relative to Language-Model Signal in Data-Limited Cryptic Pocket Prediction ↗

利用单次分子动力学模拟预测突变引起的构象分布变化

  • 对单一参考分子动力学系综按构象状态逐一重新加权,预测突变如何重新分配构象群体,无需为每个突变体重新运行收敛的模拟。
  • 内置诊断功能,可标出采样数据无法支持的预测。
  • 在模型肽、小型蛋白、T4 溶菌酶和 EGFR 激酶结构域上进行了基准测试;仅适用于参考自由能景观采样充分的情形。
💡 要点基于摘要的观点

如果这种重新加权真能站得住,我会把它当作在变异体组合上投入炼金术式 FEP算力之前的低成本筛选步骤:先按预测的群体偏移给突变排序,只对真正要紧的几个跑完整模拟。麻烦在于它的上限取决于参考轨迹的覆盖度,所以内置诊断比任何基准数字都更值得看。我会先拿手头已有数据的激酶 DFG-in/out 问题来试。

Free Energy Landscape Perturbation for Estimating Mutation-Induced Population Shifts from Reference Molecular Dynamics Ensembles ↗

结合分子对接评分与量子化学描述符预测血脑分配比

  • 这篇预印本针对数百个化合物的整理数据集,建立脑/血分配比(logBB)的回归模型。
  • 研究检验针对外排转运体P-gp和BCRP的Vina对接评分及量子化学描述符是否能增加预测信息。
  • 在比较的多种算法中选用RBF核支持向量回归,在留出测试集上表现中等。
  • 作者还讨论了生成这些描述符所需的计算成本。
💡 要点基于摘要的观点

在单一留出集上只有“中等”精度,那要超越的基线就是简单的logP/TPSA/HBD模型,它对血脑屏障本来就能解释大半。我想看同一划分下,SVR加入与去掉Vina和QM特征的对比。若提升很小,在库规模筛选里跑QM计算就不划算。另外这里只读了摘要,请以正文为准。

A Machine Learning Approach to logBB Prediction Combining Molecular Docking and Quantum-Chemical Descriptors ↗

生成式AI用简化氨基酸字母表按需设计具有指定二级结构基序的肽

  • 该生成模型以目标二级结构基序和受限残基字母表为条件,基于源自PDB的蛋白数据训练,仅使用理化性质与二级结构信息。
  • 设计覆盖多种字母表规模和基序复杂度;评估为计算层面,采用ESMFold结构预测。
  • 许多设计序列被预测折叠接近目标;在可获得的摘要中未提及实验验证或与其他方法的直接比较。
💡 要点基于摘要的观点

对肽来说,ESMFold吻合度只是个很弱的替代指标:短序列在溶液中往往结构松散,螺旋预测置信度再高,也不代表在水中真能形成。信任简化字母表之前,我会先合成几条做CD或NMR验证,并和施加同样约束的ProteinMPNN类基线对比一下。

Artificial Intelligence-Aided Design of Peptides with Custom Secondary Structure Motifs and Reduced Amino Acid Alphabets ↗

不回归ΔΔG,改为判别突变的稳定化或失稳方向

  • 将突变稳定性预测重新定义为判断突变使蛋白稳定还是失稳的分类问题,而非估算精确的能量数值。
  • 用权重共享的孪生网络比较野生型与突变体,并通过交叉注意力融合突变位点周围的局部结构信息与蛋白语言模型特征。
  • 在独立基准S669上进行回顾性评估,未描述前瞻性实验验证。
  • 据报道优于所比较的其他方法,在识别稳定化突变方面亦然。
💡 要点基于摘要的观点

二分类的稳定/失稳判断,放到我自己的项目里真有用吗?做初筛也许可以,但要在候选之间做取舍,还是需要能量大小。S669是合理的测试集,不过得核对它与训练集的重叠程度,以及占比很小的稳定化类别是否被公平对待。没有任何实测跟进,我只会把它当作排序过滤器,拿自己的突变体去和FoldX或Rosetta对比着试。

BlindDDG: A Blind Evaluation-Based Method for Protein Mutation Stability Prediction ↗

MetaPLI:以检索到的实验数据为上下文,无需重新训练即可预测结合亲和力

  • 一种检索增强的上下文内回归模型,依据蛋白–配体复合物结构及少量已知活性测定值预测绝对结合亲和力。
  • 新的实验结果会加入检索到的上下文,无需重新训练即可指导先导优化中后续的预测与化合物选择。
  • 基准数据集、验证设计(回顾性或前瞻性)以及与现有方法的比较,在可获取的记录中未能确认。
💡 要点基于摘要的观点

在它取代你项目里的任何环节之前,先问清检索是怎么划分的:如果检索到的上下文与查询化合物同属一个化学系列,那你测到的不过是绕了个弯的局部QSAR,而活性悬崖恰恰会在最需要的地方让它出错。先做按系列留出的测试,再用你们最近两轮的数据,与简单的局部模型和FEP做对比。

MetaPLI: retrieval-augmented in-context regression over protein–ligand structures for absolute binding affinity prediction ↗

抗病毒盲测挑战中物理方法的结合构象预测表现良好,但受体柔性仍难以打分

  • 两种开源的物理方法参加了2025年ASAP-Polaris-OpenADMET抗病毒结合构象预测挑战,采用模板化配体生长结合ML/MM混合势能。
  • 两者均跻身较强的物理方法之列;改进后利用模板信息的流程在多数SARS-CoV-2与MERS-CoV主蛋白酶案例中取得成功。
  • 侧链构象系综改善了构象生成,但打分函数仍无法可靠挑出正确的受体构象。
💡 要点基于摘要的观点

Mpro口袋相对刚性、模板又充足,这更像是物理方法对接的有利场景,不能当作可泛化的证明。更值得注意的是:侧链系综能改善构象生成,打分却挑不出正确的受体构象。放到真实项目里,我不会只信单一打分,而是对接到系综上、对构象聚类,再与co-folding模型做对照。

Evaluation of Physics-Based Pose Prediction and the Role of Receptor Flexibility in a Community Antiviral Blind Challenge ↗

四种炼金术自由能计算引擎在同一力场下的直接对比

  • 借助 MolCube-AFES 输入流程,在相同 Amber 力场下比较 Amber 热力学积分、GROMACS 非平衡 TI、OpenMM FEP 与 BLaDE 多位点 lambda 动力学。
  • 以已发表的配体转化基准集及另外两个应用案例,与实验数据对照。
  • 四种方法均重现实验趋势,精度无统计学显著差异;选择可依据通量、可移植性和扰动网络设计。
💡 要点基于摘要的观点

精度打平,也只是在这套基准上打平:Wang 等人的数据集以中性、同系列、相对刚性的配体为主,而且各引擎共用同一套 Amber 力场。选引擎之前,不妨用自己最难的系列(带电基团、环变换、柔性连接链)重跑一遍,记录每条收敛边的 GPU 时长和重复运行的波动。该看的是这些,而不是标题里的“持平”。

Comparative Analysis of Relative Ligand Binding Free Energy Simulation Methods: Amber-TI, GROMACS-NETI, OpenMM-FEP, and BLaDE-MSLD ↗

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行业新闻

7篇

AbbVie引进Nxera肠道靶向EP4激动剂用于IBD,交易总额最高14.7亿美元

  • AbbVie将授权引进Nxera Pharma面向炎症性肠病的EP4受体激动剂项目,首付款1亿美元。
  • 开发与商业化里程碑付款最高可达13.7亿美元。
  • Nxera通过其英国子公司转让该肠道靶向项目的全球权利。
💡 要点基于公开报道的观点

AbbVie在IBD领域已有基于IL-23和JAK抑制的两大产品线,肠道局限型EP4激动剂更像是机制上的对冲,着眼黏膜愈合而非又一种免疫抑制剂。首付款不到总额的十分之一,是典型的后置结构。悬而未决的是肠道局限性能否在患者中保持:EP4激动剂过去常有全身暴露的问题,早期PK和黏膜活检数据值得关注。

AbbVie bets up to $1.47B on Nxera's gut-targeting IBD program ↗

Minghui以1.1亿美元首付款授出III期甲状腺眼病药物的日本权益

  • 总部位于上海的Minghui Pharmaceutical将其处于III期的甲状腺眼病药物的日本权益授权出去。
  • 受让方是一家有106年历史、以甲状腺激素产品闻名的专科药企。
  • 首付款为1.1亿美元。
💡 要点基于公开报道的观点

作为对照,Viridian在2025年把IGF-1R抗体的日本权益授予Kissei,首付款为7000万美元。单一国家权益的首付款达到1.1亿美元,对III期资产而言价格不低,也说明安进Tepezza所在的赛道竞争正在加剧。受让方的甲状腺业务让它能直接触达内分泌医生。仅凭导语还看不出里程碑部分还剩多少。

China biotech Minghui does thyroid eye disease deal for $110M upfront ↗

诺和诺德称CagriSema在欧洲还需“几年”才会上市

  • 诺和诺德即将离任的首席财务官Karsten Munk Knudsen向Endpoints表示,CagriSema在欧洲还要“几年”才会上市。
  • 公司第三季度报告称,正在为2027年初在美国上市做准备,以获得监管批准为前提。
💡 要点基于公开报道的观点

把公司最重要的肥胖症后续产品定为美国先上、欧洲靠后,是一个值得注意的选择,而礼来的替尔泊肽已在欧洲市场站稳脚跟。导语没有说明原因是供应、医保报销还是监管节奏,而这恰恰是要弄清楚的:原因决定了这只是单一地区的延迟,还是今后上市安排的模板。另外这是即将离任的高管的说法,时间表只宜视作参考。

Novo won't launch CagriSema in Europe for 'a couple of years,' CFO says ↗

Compass将在两周内完成COMP360的FDA申报,Usona已抢先提交

  • Compass Pathways预计在约两周内完成COMP360治疗抵抗性抑郁症的FDA滚动申报,目标在2027年上半年上市。
  • 据报道,Usona Institute已于11月2日提交其用于重度抑郁症的裸盖菇素候选药物的申请。
  • 两个项目均持有国家优先审评券,审评时间可能缩短至一到两个月。
💡 要点基于公开报道的观点

两份申请并不可直接比较:Compass的数据来自高度难治的人群,而Usona的III期结果尚未公开,监管方和处方医生比较的会是适应症范围,而不只是速度。有了优先券,首个迷幻类药物的批准可能在数月内出现,真正的难题随之转向给药场地与流程、监测要求和医保覆盖。

Compass to submit psilocybin depression drug for approval 'imminently' after stock wobbles ↗

诺华终止与BioArctic在脑递送技术上的发现阶段合作

  • 诺华已终止与瑞典BioArctic的发现阶段合作,后者是阿尔茨海默病药物Leqembi的研发方。
  • 该2025年协议涉及BioArctic的血脑屏障穿透技术BrainTransporter,含3000万美元初始付款及最高7.72亿美元里程碑付款。
💡 要点基于公开报道的观点

发现阶段的合作终止既便宜又常见,7.72亿美元的总额里几乎没有真正处于风险中的部分,所以信号主要是BioArctic的脑递送平台未达到诺华内部的标准。此前AbbVie刚退出一项α-突触核蛋白合作,如今BrainTransporter平台上公开的合作方只剩礼来。要重建信心,需要的是临床概念验证,而不是再签一份发现阶段协议。

Novartis puts $772M BioArctic deal on ice, skates away from brain-delivery alliance ↗

施维雅15.5亿美元收购的sevasemten在贝克型肌营养不良II期GRAND CANYON试验中失败

  • 施维雅五个月前以15.5亿美元首付款收购的贝克型肌营养不良药物sevasemten,在为期18个月、安慰剂对照的II期GRAND CANYON试验中未达到主要终点(北极星步行能力评估NSAA)和次要终点;安全性和耐受性仍然良好。
  • 施维雅表示结果与此前包括II期CANYON研究在内的发现不一致,正在分析完整数据;针对杜氏肌营养不良的II期LYNX试验仍在进行,预计2027年1月完成。
💡 要点基于公开报道的观点

此前的II期CANYON试验达到了生物标志物(肌酸激酶)终点,但功能改善趋势较弱。生物标志物获胜不等于功能获益,这正是定价时本应计入的风险。接下来要看的是,数据再分析能否找到值得开展新试验的亚组,以及杜氏肌营养不良的LYNX试验是否会给出不同结果。

Servier's $1.5B bet on Edgewise drug fails five months in ↗

Ultragenyx裁员约20%,终止威尔逊病基因疗法UX701

  • Ultragenyx将裁减约20%的员工,剩余约1000人,并缩减办公与场地规模。
  • 威尔逊病项目UX701终止:第四队列在部分患者中显示出临床活性,但未达到进入关键阶段的标准。
  • 安格曼综合征GTX-102的研究也将收尾;公司称在获得首批两项FDA批准后,重心转向商业化执行。
💡 要点基于公开报道的观点

继9月安格曼综合征III期失利之后,两个月内这是第二次撤下重点管线,公司的未来押在新近获批的两款产品上。UX701本身门槛就高:威尔逊病已有廉价的口服药物,基因疗法需要明确的功能优势。接下来要看缩减后的研发规模下,哪些中期资产能留下来。

Ultragenyx to lay off 20% of employees, scrap a Wilson disease gene therapy ↗