四种炼金术自由能计算引擎在同一力场下的直接对比
- 借助 MolCube-AFES 输入流程,在相同 Amber 力场下比较 Amber 热力学积分、GROMACS 非平衡 TI、OpenMM FEP 与 BLaDE 多位点 lambda 动力学。
- 以已发表的配体转化基准集及另外两个应用案例,与实验数据对照。
- 四种方法均重现实验趋势,精度无统计学显著差异;选择可依据通量、可移植性和扰动网络设计。
💡 要点 基于摘要的观点
精度打平,也只是在这套基准上打平:Wang 等人的数据集以中性、同系列、相对刚性的配体为主,而且各引擎共用同一套 Amber 力场。选引擎之前,不妨用自己最难的系列(带电基团、环变换、柔性连接链)重跑一遍,记录每条收敛边的 GPU 时长和重复运行的波动。该看的是这些,而不是标题里的“持平”。