4種のアルケミカル自由エネルギー計算エンジンを同一力場で直接比較
- Amberの熱力学的積分、GROMACSの非平衡TI、OpenMMのFEP、BLaDEの多サイトラムダダイナミクスを、MolCube-AFESの入力ワークフローで同一のAmber力場に揃えて比較。
- 公開ベンチマークのリガンド変換セットと2件の追加事例で、実験値と照合。
- 4手法とも実験の傾向を再現し、精度に統計的有意差はなし。手法選択はスループット、可搬性、摂動ネットワーク設計で判断できる。
💡 ポイント アブストラクトに基づく見解
精度が横並びというのは、このベンチマークの上での話にすぎない。Wangらのセットは中性で同族、比較的剛直なリガンドが中心で、しかも全員が同じAmber力場を使っている。エンジンを選ぶ前に、自分たちの最難関シリーズ(電荷を持つ基、環の変換、柔軟なリンカー)で再実行し、収束した1エッジあたりのGPU時間と再現時の分散を記録したい。決め手はそこで、見出しの「同等」ではない。