REST併用のアルケミカル転移FEPにより、荷電核局在シグナルペプチドとインポーチンαの結合が水・イオン放出のエントロピーで駆動されることが示された
- 結合ペプチドと非結合ペプチドを入れ替えることで正味電荷の補正を不要にするアルケミカル転移FEPに、溶質テンパリング型レプリカ交換法と柔らかい平底拘束を組み合わせた。
- ウイルス由来の荷電核局在シグナルペプチドとインポーチンαの結合に適用し、統計誤差の小さい十分なサンプリングを達成した。
- 等温滴定熱量測定は、計算された親和性と中程度の一致を示した。
- エネルギー分解では、界面からの水とイオンの排除により正味のエンタルピーは不利だが、エントロピーの増大がそれを補い、結合はエントロピー駆動であることが分かった。
💡 ポイント アブストラクトに基づく見解
インポーチンα/NLSペプチドという1系で、ITCとの一致も中程度にとどまるため、これだけではプロトコルの妥当性を示したことにならない。エントロピー駆動という解釈は水とイオンへの分解に依存し、力場やイオンパラメータで結果が変わりうる。熱量測定のエンタルピーを計算値と直接比べ、同じ系で標準的な二重脱結合法やMM-GBSAとも比較する必要がある。