FamGeo-DDG:変異部位中心の局所グラフとESM-2でPPIのΔΔGを予測
- 変異部位の周囲に作る局所残基グラフを用い、変異によるタンパク質間結合エネルギーの変化を予測する。
- ノード特徴には、残基置換、DSSPによる構造記述子、ESM-2埋め込みの差分を組み合わせている。
- 複数の公開変異データセットで、ファミリー単位の分割を含む3種類の交差検証方式により、13のベースライン手法と後ろ向きに比較し、アブレーションと外部検証も実施している。
- 著者らはファミリー単位の分割で競争力のある性能を報告しており、前向き検証の記載はない。
💡 ポイント アブストラクトに基づく見解
3種類の分割のうち、新規ターゲットへの汎化を実際に問うのはファミリー単位の分割だけだ。ランダム分割では、ほぼ同一の複合体が分割間にまたがって漏れ込む。それでもPPIのΔΔGデータは小規模で冗長性が高く、不安定化方向やアラニン置換に偏っている。13のベースラインに勝っても、実際の親和性成熟でFEPや経験的ツールと並べたとき通用するかは分からない。欠けているのは前向き検証だ。
📄 原論文 · Journal of Chemical Information and Modeling ↗ FamGeo-DDG: A Mutation-Centered Local Geometric-Semantic Framework for Protein–Protein ΔΔG Prediction