FamGeo-DDG:以突变位点为中心的局部图结合ESM-2预测蛋白互作ΔΔG
- 以突变位点为中心构建局部残基图,预测突变引起的蛋白–蛋白结合能变化。
- 节点特征整合了残基替换、DSSP结构描述符以及ESM-2嵌入差异。
- 在多个公开突变数据集上采用三种交叉验证划分(含按蛋白家族划分),与13种基线方法进行回顾性比较,并包含消融实验和外部验证。
- 作者报告其在按家族划分的评估中表现具有竞争力;未描述前瞻性验证。
💡 要点 基于摘要的观点
三种划分方案里,只有按蛋白家族划分才真正检验对新靶点的泛化;随机划分会让近乎相同的复合物泄漏到不同折中。即便如此,蛋白互作ΔΔG数据集规模小、冗余度高,且偏向去稳定化和丙氨酸突变,胜过13种基线未必能在真实的亲和力成熟项目中与FEP或经验打分工具抗衡。缺的正是前瞻性验证。
📄 原论文 · Journal of Chemical Information and Modeling ↗ FamGeo-DDG: A Mutation-Centered Local Geometric-Semantic Framework for Protein–Protein ΔΔG Prediction