基于OpenMM的SandCat加速隐蔽蛋白口袋的前瞻性发现
- SandCat将原本依赖GROMACS和PLUMED的隐蔽口袋增强采样方法SWISH-X移植到OpenMM平台，并为尚无已知隐蔽位点的靶标提供了标准化流程。
- 它能复现SWISH-X以往的结果，而计算速度约为原来的两倍。
- 在具有已表征隐蔽位点的高难度靶标上，所有已知位点都进入了排名靠前的候选位点，而阴性对照蛋白则未检出任何位点。
- 这是一篇尚未经同行评审的预印本；作者认为速度的提升有望使该方法大规模用于难成药靶点。
💡 要点 基于摘要的观点
将SWISH-X移植到OpenMM，价值不在提速，而在于省去GROMACS/PLUMED的打补丁负担，项目组才真正跑得起来。但验证是回顾性的：只回收了已知位点，加一个阴性对照。新发现的口袋若无实验确认，可成药性仍未得到证明。
SandCat: OpenMM Framework for Prospective Cryptic Pocket Discovery ↗