静态重折叠成功不等于动态稳定：分子动力学评估揭示基序支架设计的不足
- BILBY-PRO基于PROSITE相关结构系统构建保守功能基序基准，用靶标覆盖率和独特解产出量比较六种近期支架生成模型。
- BILBY-MD是以参考模拟为对照的全原子分子动力学框架，考察基序与支架的漂移、接触保持以及二面角自由能景观。
- MotifBench中静态求解成功的设计有不少未通过MD标准，依赖环境的基序尤其明显，说明仅凭重折叠成功无法证明动态保真度。
💡 要点 基于摘要的观点
设计在MD中算不算“失败”，取决于模拟时长、重复次数和力场，所以在相信各生成模型的排名之前，我想先看到换几组随机种子后失败率依然稳定。话说回来，放在我自己的项目里，重折叠成功只是第一道筛子：基序在无约束MD里早早漂移，往往就守不住功能所需的精确几何，我宁可在订基因之前就知道这一点。
Static Recovery Is Not Dynamic Stability: Dynamics-Aware Benchmarking of Protein Motif Scaffolding ↗