开放的CHARMM兼容参数集使12种HIV-1抑制剂可在全原子与粗粒化两种尺度下进行模拟
- 该流程结合量子力学优化、实验基准比对和小分子粗粒化，为12种HIV-1抑制剂及辅因子IP6构建了CHARMM兼容参数，并附带结构与约束文件公开发布。
- 通过抑制剂结合复合物的模拟，将参数与已知结构和热力学数据（包括lenacapavir结合自由能估算）进行了比对。
- 应用示例包括整合酶链转移抑制剂与衣壳晶格相互作用的自由能曲线，以及变构整合酶抑制剂的结合能分析；粗粒化方案保留了关键静电特征。
💡 要点 基于摘要的观点
配体参数往往是衣壳模拟中最薄弱的环节，因此一套CHARMM兼容参数涵盖12种抑制剂和IP6，具有实际价值。尚不清楚的是，lenacapavir的自由能估算能否推广到未参与参数化的化合物，因为仅与已知数据吻合只算拟合。使用前，还需检验粗粒化映射对自己的类似物是否适用。