可极化与固定电荷力场对分支酸变位酶如何为底物预组织以促进催化，给出了性质上不同的图景
- 分别用可极化的AMOEBA力场和固定电荷的AMBER力场对分支酸变位酶进行分子动力学模拟并比较。
- 只有AMOEBA能使底物采样到接近过渡态的反应性构象,两种力场给出的活性位点氢键网络和电场也明显不同。
- 关闭诱导偶极的对照模拟表明,差异的根源是显式极化。这是纯计算比较,没有实验验证。
💡 要点 基于摘要的观点
AMOEBA能采样到反应性构象而AMBER不能，这一差异很有意思，但单凭它说明不了太多：可极化模型既可能纠正固定电荷的偏差，也可能过度稳定近过渡态构象。缺少的是与实验的对照，例如QM/MM能垒，或已知突变体的kcat变化。目前它只能作为为静电主导的靶点预留可极化模拟算力的理由，而非定论。
Polarization Is Required to Model Electrostatic Preorganization: The Case of Chorismate Mutase ↗