ATMOS将状态空间模型与扩散模型结合,为蛋白质及蛋白-配体体系生成原子级分子动力学轨迹
- 该生成模型以基于Pairformer的状态空间骨架传递运动历史,再由扩散解码器依次生成每一帧轨迹。
- 它针对的问题是:长时间尺度模拟成本高昂,而现有生成模型往往忽略时间相关性。
- 评估涵盖蛋白质单体和蛋白-配体体系;作者称其性能领先,但摘要未描述前瞻性的实验验证。
💡 要点 基于摘要的观点
逐帧自回归生成合乎情理，因为独立帧生成器会丢失动力学信息。但评价MD替代模型，应看其对照长时间参考模拟能否复现慢态占据概率和跃迁速率，而非单帧保真度。对蛋白-配体体系，还要看配体解离或构象切换是否会出现，以及长程展开是否漂移。在缺少代码和留出体系验证的情况下，它只能算有前景，尚不可用。
Atomic Trajectory Modeling with State Space Models for Biomolecular Dynamics ↗