PPB4、低分子の活性標的に加え非活性標的も予測
- PPB4はChEMBL35で学習したディープニューラルネットワークで、クエリ分子が作用しうる標的を予測する。
- 前身のPPB3や類似ツールが活性標的の一覧しか示さないのに対し、非活性と推定される標的や、活性・非活性の両方の化合物に似ているため両方の可能性がある標的も提示する。
- 各予測には学習データ中で当該標的に活性とされた近傍分子が添えられる。前向きの事例研究が2件示され、ツールは無料で公開されている。
💡 ポイント アブストラクトに基づく見解
「非活性」という判定は、その裏にある陰性データの質で決まる。ChEMBLの陰性は少なく、アッセイ依存で、単一濃度での空振りにすぎないことも多い。非活性クラスがどう定義され、活性だけでなく確認済みの非活性を保留したデータで評価されたのかが気になる。自分のプロジェクトなら、カウンタースクリーンのパネルを絞る前に、まず手元のケモタイプで既知のオフターゲットに当ててみたい。