PPB4不仅预测小分子活性靶点,还预测非活性靶点
- PPB4是基于ChEMBL35训练的深度神经网络,用于预测查询分子可能作用的靶点。
- 与前代PPB3及同类工具只给出可能的活性靶点不同,它还列出可能的非活性靶点,以及分子同时类似于活性和非活性化合物、因而两者皆有可能的靶点。
- 每个预测都附带训练数据中对该靶点标注为活性的最近邻分子。文中以两个前瞻性案例说明用法,该工具可免费在线使用。
💡 要点 基于摘要的观点
“非活性”的判断只和背后的阴性数据一样可靠,而ChEMBL里的阴性数据稀少、依赖具体实验,往往只是单一浓度下没测出活性。我想知道非活性类是如何定义的,评估时是否用了留出的、确认过的非活性化合物,而不只是看活性。换成我自己的项目,在用它精简反筛选靶点组合之前,会先拿我这个化学型已知的脱靶位点来检验一下。