WhatRes:AI予測構造の「リアルさ」を測り、過度に理想化された幾何を可視化
- WhatResは座標だけから構造を評価する手法で、局所的な幾何が似ている実験分解能(見かけの分解能)と、同程度の分解能の実験構造と比べた幾何の自然さ(リアリズム)という2つの軸で位置づける。
- AI予測モデルを実験構造と比較して検証しており、実際の創薬プロジェクトでの前向き検証ではない。
- 信頼度の高い予測でも、見かけの分解能は高いのに結合長や結合角のばらつきが高分解能の結晶構造より明らかに小さく、過度に理想化されていることが示された。
- bioRxivのプレプリントであり、査読は受けていない。
💡 ポイント アブストラクトに基づく見解
結合長のばらつきが狭いことを検出するのは簡単だが、それが私たちの用途で効くかどうかは未解決だ。登録された結晶構造の幾何自体も精密化時の拘束条件に左右されるため、「現実的」という基準は一部が精密化の慣習でもある。鵜呑みにする前に、自分たちの標的のモデルで、このスコアがドッキングのポーズ再現やポケット精度と相関するか確かめたい。
Realism and resolution: How AI-predicted protein structures differ from experimental structures ↗