本日は27本。メドケムでは経口GLI1 PROTACとRET阻害薬、薬理では8本、計算創薬ではベンチマークや能動学習の6本、業界ではバイエルのasundexian承認とFDAのGLP-1眼リスク表示を紹介します。
2026-11-09 · ⚗️RET kinase inhibitor (small molecule) · Journal of Medicinal Chemistry (ACS)
- 承認済みの選択的RET阻害薬は溶媒前線のG810C/R変異が生じると効果が低下するため、著者らは自らの既報RET阻害剤を出発点に系統的な構造活性相関の最適化を行った。
- 得られたF73は、V804Mゲートキーパー変異およびG810C/R変異に対しても強力な活性を保ち、変異Ba/F3細胞でRETのリン酸化と下流のSHCシグナルを抑制した。
- CCDC6-RETおよびG810R発現細胞で用量依存的にアポトーシスと細胞周期停止を誘導し、G810R異種移植モデルではセルペルカチニブより高い抗腫瘍効果を示した。
💡 ポイントアブストラクトに基づく見解ゲートキーパー変異と溶媒前線変異では攻め方が違う。V804Mは立体障害で、セルペルカチニブはすでに回避できているが、G810C/Rはヒンジ出口付近の溶媒露出部位を狭めてしまう。次に見たいのはキノーム全体での選択性だ。変異対応を狙った化合物はKDRやFGFRなどのオフターゲットが復活しがちである。G810とV804が同時に入った複合変異でも活性が保たれるかも確認したい。
Discovery of F73, a New Generation RET Inhibitor Overcoming RET Gatekeeper (V804M) and Solvent-Front (G810C/R) Mutations ↗
2026-11-09 · ⚗️CGRP receptor antagonist peptide (lipidated) · Journal of Medicinal Chemistry (ACS)
- 10残基のCGRP受容体拮抗ペプチドに、鎖長の異なる脂質基とPEGリンカー、さらにN末端修飾を組み合わせて導入し、片頭痛治療薬候補の最適化を図った。
- C18ジアシド脂質で、マウスでの半減期が最も長くなった。血清中安定性は脂質が大きいほど向上したが、受容体拮抗活性は低下した。
- あわせて、ヒト血清アルブミンへのペプチド結合を測る迅速・安価なHPLC対応アッセイを開発した。平衡透析で問題となる膜への非特異的吸着や分解を回避できる。
💡 ポイントアブストラクトに基づく見解脂質が大きいほど活性が落ちるのは、小分子・ペプチド拮抗薬が結合する受容体の細胞外ドメイン近傍で、脂質が立体的に邪魔をしているからではないか。セマグルチド型のC18ジアシド+スペーサーが当然の比較基準になる。各アナログで活性とアルブミン結合のトレードオフを描いてみたい。血清存在下でシフトした活性でも、用量設定が成り立つかも確認したい。
Lipid-Modified CGRP Receptor Antagonists: Balancing Pharmacokinetic Improvement and Potency Loss ↗
2026-11-09 · ⚗️Antimicrobial peptide (bacterial membranes, LPS/LTA) · Journal of Medicinal Chemistry (ACS)
- LPSとLTAの両方を認識する結核菌アデニル酸キナーゼの構造を手がかりに、グラム陰性菌・陽性菌の双方を狙うペプチドを設計した。
- 非天然アミノ酸の導入、N末端C6アシル化、アルギニン伸長を経てリード化合物YK-mAK-17に到達。両親媒性ヘリックスが膜と病原性経路を攪乱する。
- 安定性が高く耐性が生じにくく、CRABやMRSAに有効だった。
- CRABおよびMRSA誘発の敗血症性ショックマウスモデルで、生存率を改善し臓器障害を抑えた。
💡 ポイントアブストラクトに基づく見解カチオン性の両親媒性ヘリックスに脂肪酸鎖を付けた分子は、殺菌曲線では常に見栄えがよい。だから最初に見るのは治療域で、溶血、哺乳類細胞毒性、血清・血漿タンパク結合の結果次第でポリミキシン系との優劣が決まる。膜破壊型だとLPS/LTA認識と単なる電荷による溶菌の区別も曖昧になる。スクランブル配列や低電荷の対照を試し、アシル鎖長とArg数が毒性にどう効くかを見たい。
Broad-Spectrum Antimicrobial Peptide Designed from the Mycobacterium tuberculosis Adenylate Kinase Structure, Inspired by Its LPS/LTA Dual Recognition ↗
2026-11-03 · ⚗️HDAC/proteasome dual-target small molecule · European Journal of Medicinal Chemistry (Elsevier)
- 先行リードZY-2を出発点に、フットポケット結合基、リンカー、末端芳香環を体系的に変換し、HDAC/プロテアソーム二重阻害剤のシリーズを構築した。
- ヒットX17の脱保護体X26はプロテアソーム阻害を強く保ち、HDAC1よりHDAC2をやや優先して阻害し、HDAC6やHDAC8に対する選択性も良好だった。
- X26はZY-2より細胞増殖抑制が大幅に向上し、特にMDA-MB-231で顕著で、コロニー形成の抑制、アポトーシス誘導、免疫原性細胞死に関わるDAMPシグナルの促進を示した。
- MDA-MB-231異種移植モデルでもZY-2を上回る抗腫瘍効果を示した。
💡 ポイントアブストラクトに基づく見解二重阻害は効果の帰属が難しい。1つの骨格で両方に作用する以上、ZY-2を上回った異種移植の結果がどちらの標的によるのか、相乗なのかは切り分けられない。単一標的の対照化合物と、ボルテゾミブとHDAC阻害剤の併用をベンチマークにしたい。さらにHDAC2優先性が細胞内でも保たれるかと、脱保護で露出した極性基がPKを悪くしないかも確認したい。
Discovery and optimization of novel HDAC/proteasome dual inhibitors with antitumor activity in solid tumor models ↗
2026-11-02 · ⚗️CDK2 small-molecule inhibitors · European Journal of Medicinal Chemistry (Elsevier)
- 構造に基づく設計により、約1800種のトリアゾール誘導体ライブラリーを、精製なしで96ウェルプレート上の銅触媒クリック反応により構築した。
- 粗生成物をそのまま競合的蛍光偏光アッセイにかけ、2回のスクリーニングで活性化合物を絞り込んだ。
- 得られたLL-K2in10は結合アッセイと酵素アッセイの両方でCDK2を阻害し、複合体構造から複数の水素結合がSARの根拠として示された。
- OVCAR3細胞では標的結合を示唆する結果に加え、Rbリン酸化の低下、生存率の減少、細胞周期の変化が認められた。
💡 ポイントアブストラクトに基づく見解粗生成物をそのままスクリーニングする手法は速い反面、残存銅や未反応のアジド・アルキン、凝集体が結合を偽装したり隠したりしうる。まずは上位ヒットを再合成・精製して活性が再現するか確かめたい。次に選択性で、ATP部位結合型の骨格はCDK1やCDK9との分離で躓くことが多い。キナーゼパネルでの評価と、既存のアミノピラゾール系やプリン系骨格との直接比較が欲しい。
Direct-to-biology high-throughput optimization enables rapid hit-to-lead discovery of potent CDK2 inhibitors ↗
2026-10-31 · ⚗️GLI1 transcription factor / CRBN-recruiting PROTAC · European Journal of Medicinal Chemistry (Elsevier)
- SMO阻害薬が効きにくい腫瘍に対処するため、Hedgehog経路でSMOの下流にある転写因子GLI1を標的とし、CRBNをリクルートする新規PROTACシリーズを設計した。
- 代表化合物LRG20は、HT-29大腸がん細胞でGLI3よりGLI1とGLI2を優先的に分解し、ユビキチン・プロテアソーム系を介して作用する。代表的なCRBNネオ基質は分解しない。
- 細胞増殖を抑え、in vivoで経口曝露が得られ、明らかな毒性なしにHT-29異種移植腫瘍の増殖を抑えた。
💡 ポイントアブストラクトに基づく見解ポケットのない転写因子は、分解薬が最も活きる標的の典型だ。典型的なCRBNネオ基質を分解しない点も安心材料になる。ただしGLI1/GLI2をGLI3より優先して分解するという主張には、プロテオーム全体での裏付けが要るし、分解しないCRBNバインダーの対照がなければ、効果が経路への非特異的な影響でないとは言い切れない。次に確認したいのはSMO阻害薬耐性モデルでの活性と三者複合体の協同性だ。大きなPROTACで経口曝露が得られたこと自体が最大の驚きである。
Discovery of the first orally bioavailable GLI1 PROTAC for the treatment of colorectal cancer ↗
2026-10-29 · ⚗️GluN2B-selective NMDA receptor antagonist (small molecule) · European Journal of Medicinal Chemistry (Elsevier)
- 治療抵抗性うつ病で第2相試験中のGluN2B選択的NMDAR拮抗薬オンファスプロジル(MIJ821)は、薬物動態が不十分なため点滴静注に限られている。
- リガンドと受容体の相互作用の知見を基に新規シリーズを設計し、GluN2B阻害活性を保ちつつ薬物様性の改善を図った。
- 代表化合物33はin vitroで強力な活性を示し、脳へ移行し、マウスで代謝クリアランスが低下して良好な経口曝露を示した。
- 経口投与により、慢性社会的敗北ストレスモデルと強制水泳試験の両方で抗うつ様効果が得られた。
💡 ポイントアブストラクトに基づく見解経口曝露の改善は狙いどころとして正しい。イフェンプロジル結合部位を狙うケミカルタイプはフェノールのグルクロン酸抱合とhERG阻害に長年悩まされ、トラクソプロジルのQT延長がその例だ。化合物33を評価するなら、まずhERG、α1アドレナリン受容体、シグマ受容体へのオフターゲットデータを見たい。強制水泳試験はトランスレーショナルな指標として弱いので、抗うつ様効果を示した用量での受容体占有率のほうが有益だろう。
Discovery of potent, selective, and orally bioavailable GluN2B-NMDA receptor antagonists for the treatment of depression ↗
2026-11-10 · 💻LLM-based systematic literature review and screening workflow · chemRxiv
- CESARはオープンソースのワークフローで、OpenAlexを使って参考文献と被引用文献をたどり文献コーパスを構築し、人手でアノテーションした参照セットで調整したLLMが抄録を選別する。
- 広い分野(全合成)と狭い標的(MAGL)で、既存の整理済み文献集との照合による後ろ向き評価を実施。収集範囲は既知論文の大部分を網羅し、安価なモデルも高価なモデルに近い性能だった。
- オープンウェイトモデルのローカル実行でもクラウドと同等で、選択性や化合物名の抽出も同時に行え、機密資料の選別にも使える。査読前のプレプリント。
💡 ポイントアブストラクトに基づく見解既知論文の大部分を回収したという数字は、おそらく同じ文献や引用関係から作られた整理済み文献集に対するリコールにすぎず、取りこぼしについてはほとんど語らない。自分の標的に使う前に、除外された抄録からランダムに抽出して手で確認し、偽陰性を見積もりたい。ランドスケープが静かに歪むのはそこだからだ。
Orchestrating literature landscaping in drug discovery by coupling citation expansion with large language models ↗
2026-11-10 · 💻Molecular property prediction (GNN with non-covalent graph and pharmacophore auxiliary task) · chemRxiv
- 共有結合グラフに加え、水素結合やファンデルワールス接触を化学的な幾何条件を満たす場合のみ辺とする第二のグラフを用い、原子ごとの薬理活性団ラベルを補助タスクとして学習させるGNNです。
- MoleculeNetの複数の分類課題(スキャフォールド分割、事前学習なし)で既存手法と同等以上の性能を示し、別のGNNに組み込んでも改善が見られました。
- 新規測定した少数化合物でのlogD前向き検証では、誤差は中程度でした。chemRxivのプレプリントで、査読は受けていません。
💡 ポイントアブストラクトに基づく見解スキャフォールド分割は妥当ですが、第二のグラフと補助ヘッドでパラメータが増える以上、容量とチューニングを揃えた素のGNNとの比較で改善が残るか確認したいところです。薬理活性団ラベルもルール由来なので、モデルがルールを学び直しているだけかもしれません。自社シリーズで試し、logDの検証も単純なベースラインと比べて評価すべきです。
Chemistry-informed non-covalent graphs and pharmacophore supervision for molecular property prediction ↗
2026-11-10 · 💻Property prediction benchmarking for cyclic peptides (permeability, binding affinity, half-life) · chemRxiv
- 公開されている環状ペプチドのデータを整理し、膜透過性・結合親和性・半減期について、多様なモデルと分子表現を後ろ向きに比較したベンチマークです。
- 最も予測しやすいのは膜透過性で、親和性と半減期は難しいままです。回帰では木系アンサンブル、分類では事前学習済み化学言語モデルが優勢でしたが、万能なモデルはありません。
- データの分割法や課題設定、データ構成で見かけの性能が変わるため、ノースキル基準との比較が不可欠だと示しています。再現用の枠組みも公開。査読前のプレプリントです。
💡 ポイントアブストラクトに基づく見解環状ペプチドのモデルを信用する前に、分割の切り方を確認したい。同じラボの類縁骨格が混ざるランダム分割では透過性のスコアが甘くなりがちで、この指標が学習しやすく見える一因はアッセイの一貫性にもあるはずだ。自社の案件では、化学シリーズ単位でホールドアウトし、合成に進む前に自分たちのアッセイでノースキル基準と比べておきたい。
Assessing the predictive limits of machine learning on cyclic peptides ↗
2026-11-10 · 💻Active-learning-guided virtual screening of ultra-large make-on-demand libraries · chemRxiv
- プレプリント(査読前)。評価関数(オラクル)を差し替え可能な関数として扱うオープンソースのPythonパッケージで、ドッキング、自由エネルギー計算、既存スコア、実測値のいずれでも同じアクティブラーニングの流れで使えます。
- 多数の代理モデル、獲得戦略、分子記述子に加え、サイクル設定、枝刈り、多様性の追跡機能を備えます。
- AmpCとD4の最大1億超規模のライブラリで、既存のドッキングスコアを使い後ろ向きに検証。ごく一部を評価するだけで上位化合物の大半を回収でき、ランダム選択を大きく上回りました。
- バッチを小さくすると回収率は上がるものの計算コストが増え、枝刈りは負荷を減らす代わりに回収率がわずかに下がります。前向き検証は報告されていません。
💡 ポイントアブストラクトに基づく見解既存のドッキングスコアでの回収率は、代理モデルがドッキング関数を学習できることを示すに過ぎず、ヒットが本当に結合するかは別の話です。しかもAmpCとD4は扱いやすい定番ベンチマークです。実務で意味があるのはノイズの多いオラクルでの検証で、自分たちのアッセイやFEPのデータで、ランダム選択の対照と回収化合物の骨格多様性の確認を付けて試すべきでしょう。
LearnM8: A Simple and Modular Molecular Active Learning Framework for any Oracle ↗
2026-11-10 · 💻Scaffold hopping (small-molecule core replacement) · chemRxiv
- PDBから、同一ポケットに結合しスキャフォールドが異なるリガンド対を集めてベンチマークを構築。結晶構造を重ね合わせ、ドッキングを使わずに参照タンパク質との接触がどれだけ保たれるかでホップを評価する。
- 提案手法SV-Hopは、大規模なコア置換ルール集、物性・合成容易性の制約、接触を学習したランカーを組み合わせる。
- 評価は後ろ向き(レトロスペクティブ)で、物性ベースや2D類似度、ランダムの基準手法を上回る。ただしターゲット単位で分割すると優位性は大きく縮小する。
- 前向き検証用の化合物パネルも公開。プレプリントであり査読は受けていない。
💡 ポイントアブストラクトに基づく見解注目すべきはターゲットを除外した場合の性能低下だ。同一ポケットのPDB対は情報漏洩を招きやすく、ランカーが既知ファミリーの接触パターンを丸暗記しているだけかもしれない。しかも接触保存はあくまで代理指標で、ホップ後に活性が保たれるかは何も語らない。信用する前に自社シリーズで走らせ、合成したホップの実測活性と照らし合わせたい。
Scaffold hopping from deposited crystal pairs: docking-free contact-conservation benchmark and structure-validated method ↗
2026-11-09 · 💻Coordinate-based quality assessment of predicted protein structures · bioRxiv
- WhatResは座標だけから構造を評価する手法で、局所的な幾何が似ている実験分解能(見かけの分解能)と、同程度の分解能の実験構造と比べた幾何の自然さ(リアリズム)という2つの軸で位置づける。
- AI予測モデルを実験構造と比較して検証しており、実際の創薬プロジェクトでの前向き検証ではない。
- 信頼度の高い予測でも、見かけの分解能は高いのに結合長や結合角のばらつきが高分解能の結晶構造より明らかに小さく、過度に理想化されていることが示された。
- bioRxivのプレプリントであり、査読は受けていない。
💡 ポイントアブストラクトに基づく見解結合長のばらつきが狭いことを検出するのは簡単だが、それが私たちの用途で効くかどうかは未解決だ。登録された結晶構造の幾何自体も精密化時の拘束条件に左右されるため、「現実的」という基準は一部が精密化の慣習でもある。鵜呑みにする前に、自分たちの標的のモデルで、このスコアがドッキングのポーズ再現やポケット精度と相関するか確かめたい。
Realism and resolution: How AI-predicted protein structures differ from experimental structures ↗
2026-11-10 · 🏢Financing · BioPharma Dive · Oyster Therapeutics
- ロンドン拠点のOyster Therapeutics(旧Kesmalea Therapeutics)が、4BIO Capital主導のシリーズA-2で6,000万ドルを調達。Lillyを含む他8社も参加した。
- リード候補の分解薬は、タウに結合する分子と、タウに標識を付ける酵素を結びつけた構造。同社は病原性タウを標的とし、正常なタウは温存すると説明している。
- 臨床入りの時期は未公表。マサチューセッツ総合病院と神経毒性の高いタウ型を研究し、がんや免疫領域での応用も検討している。
💡 ポイント公開報道に基づく見解タウ抗体は多くが苦戦してきただけに、病原性型だけを狙う分解薬は興味深い代替案だ。ただ臨床時期すら示されておらず、現段階は構想の域を出ない。むしろLillyが投資家に名を連ねる点が示唆的で、選択性と脳内移行がヒトで成立するかが真の試金石になる。
London biotech Oyster harvests $60M for tau-targeting brain drugs ↗
2026-11-09 · 🏢FDA approval · BioPharma Dive · Bayer
- FDAは11月9日、バイエルの1日1回経口薬Sunharbo(asundexian)を承認した。初の第XIa因子阻害薬で、一過性脳虚血発作または心臓以外を起源とする血栓性脳卒中の既往がある成人に、抗血小板療法と併用して用いる。
- 1万2,000人超の主要試験では、プラセボ比で虚血性脳卒中リスクが26%低下し、重大な出血は同程度だった。最も多い副作用は下痢。
- 薬価は30日分748.50ドルで、発売当初は脳卒中専門の神経内科医が対象となる。
💡 ポイント公開報道に基づく見解第XIa因子阻害は「出血を抑えた抗凝固」の本命と目されてきただけに初承認の意義は大きい。ただ適応は抗血小板薬併用の脳卒中二次予防に絞られ、エリキュースが握る心房細動市場ではない。今後はバイエルが適応をどう広げるか、他社のXIa開発への波及に注目したい。
Bayer wins FDA nod for a new kind of blood thinner ↗
2026-11-09 · 🏢Acquisition · BioSpace · CorMedix
- CorMedixはHeron Therapeuticsのほぼ全資産を、現金1.45億ドルとCorMedix株14,583,333株で取得することに合意した。2028年のZYNRELEF売上に連動する最大5,500万ドルのアーンアウトも含む。
- ZYNRELEF、APONVIE、CINVANTI、SUSTOLが加わり、CorMedixは4,500万〜6,000万ドルのコスト相乗効果と、Pharmakonの1.5億ドルのタームローンを見込む。
- 完了は2027年第1四半期の見通しで、Heron株主の承認とHSR待機期間の満了が条件。
💡 ポイント公開報道に基づく見解CorMedixはDefenCath一本足の構図から、同じ病院・施設の購買層に4製品を届ける商業基盤へと広がる。ZYNRELEFの2028年売上に連動するアーンアウトは、Exparelなど先行品がある術後疼痛市場での伸びに、買い手が慎重な見方を残している表れとも読める。4,500万〜6,000万ドルの相乗効果の達成と新規タームローンを抱えた統合の進め方が、次の焦点になる。
CorMedix Therapeutics to Acquire Substantially All Assets of Heron Therapeutics, Expanding Its Portfolio of Products Used in Institutional Settings of Care ↗
2026-11-09 · 🏢Regulatory · BioSpace · FDA / Novo Nordisk / Eli Lilly
- FDAは承認済みの全GLP-1受容体作動薬に対し、非動脈炎性前部虚血性視神経症(NAION)の潜在的なリスク上昇を「警告および使用上の注意」に追記するよう求めた。適応は変更されない。
- 対象は12製品で、ウゴービ、オゼンピック、ゼップバウンド、マンジャロなどを含む。
- 臨床試験のメタ解析では、NAION発生率はGLP-1で10万患者年あたり6.4件、比較薬で3.8件。動物データでは機序は確認されなかった。
💡 ポイント公開報道に基づく見解枠囲み警告ではなく「警告」欄への追記にとどまり、絶対差も小さいため商業的な打撃は限定的だろう。ただクラス一括の表現ゆえ、ノボとリリーは眼の安全性で差をつけられない。機序も製品別データも欠けており、眼科リスクの高い患者での処方姿勢の変化が今後の焦点となる。
FDA orders class-wide GLP-1 label update to include potential risk for rare eye disease ↗
2026-11-09 · 🏢Phase 3 readout · BioSpace · Johnson & Johnson / Protagonist Therapeutics
- 第3相ICONIC-PsA 1は主要評価項目を達成し、16週時点のACR20達成率はIcotyde群58%、プラセボ群41%。J&Jは新たな安全性シグナルはないと報告。
- BMOはプラセボ補正後の関節改善をIcotyde 17%、SkyriziのKEEPsAKE 1では23%とし、差別化の確立には至らないと評価。
- BMOは経口の利便性が普及を左右し長期的にシェア拡大を見込む。Icotydeは2026年3月に尋常性乾癬で承認済み。
💡 ポイント公開報道に基づく見解試験間比較には限界があるが、プラセボ補正後の改善幅がSkyriziを下回る以上、関節での有効性では勝負しにくい。売りは経口という利便性、つまり注射剤の先行薬に対する初の経口IL-23R阻害ペプチドだ。トレムフィアも抱えるJ&Jにとっては、錠剤志向が効果差を上回るかが問われる。
J&J and Protagonist's Icotyde improves psoriatic arthritis but AbbVie's Skyrizi likely to reign ↗
2026-11-09 · 🏢Clinical readout · BioSpace · Boehringer Ingelheim / Zealand Pharma
- 第3相SYNCHRONIZE-CVOT試験(心血管リスクのある過体重・肥満成人5,530人)で、サーボデュチドは主要心血管イベントでプラセボに対し非劣性だった。
- 結果はAHAで発表されLancetに掲載。72週時点で収縮期血圧と腹囲もプラセボより低下した。
- 消化器系の副作用による中止率は約19〜21%(プラセボ1.9%)。Zealandは用量漸増の柔軟性が限られたためと説明し、アナリストは忍容性を課題と指摘。
- これらのデータは肥満症での世界的な承認申請の根拠となる。
💡 ポイント公開報道に基づく見解心血管安全性を越えたことで申請のリスクは下がったが、セマグルチドやチルゼパチドの後発となる上、消化器症状による中止が約2割では商業面の説明が苦しい。真の差別化はグルカゴン作用による肝臓への効果だろう。MASHのデータと緩やかな漸増の結果が、有力候補か追随者かを分ける。
Boehringer, Zealand's obesity drug doesn't elevate heart risk in key late-stage test ↗