WhatRes:从真实度角度评估AI预测结构,揭示几何过度理想化
- WhatRes仅凭原子坐标评估结构,从两个维度刻画:局部几何最接近的实验分辨率(表观分辨率),以及该几何与同等分辨率实验结构相比的真实程度(真实度)。
- 研究把它用于AI预测模型,并以实验结构作对照,属于回顾性比较,并非在实际药物项目中的前瞻性验证。
- 即便是高置信度的预测,表观分辨率可能很高,但键长和键角的变化幅度明显小于高分辨率晶体结构,说明模型存在过度理想化。
- 这是bioRxiv预印本,尚未经过同行评审。
💡 要点 基于摘要的观点
检出键长分布偏窄并不难,但这对我们的用途是否有影响仍是未解的问题。已登录晶体结构的几何本身受精修约束影响,所谓“真实”的参照在一定程度上也是精修惯例。采信该得分之前,先在自家靶点的模型上检验它是否与对接构象复现或口袋精度相关。
Realism and resolution: How AI-predicted protein structures differ from experimental structures ↗