TP53-MDM2/MDMX抑制剂的残基水平能量分析:稳定化肽表现更优
- 采用不受限分子动力学和QM/MM计算,将抑制剂与MDM2及MDMX的结合分解为各残基的静电和范德华贡献。
- 研究对象涵盖所有处于临床阶段且具有高分辨率结构的抑制剂;属于计算研究,未进行新的实验。
- 结合较弱,以色散作用为主,水合作用影响显著;稳定化肽比小分子有机抑制剂表现出更有利的相互作用模式。
💡 要点
逐残基分解有助于看出配体在哪里因排斥而吃亏,但固定力场下的少量MD并不能给出亲和力,又没有实验验证,订书肽占优更像是一种解读而非结论。肽本来接触就多,累加起来自然占便宜。我会把它当作指导小分子设计的热点与冲突图来用,而不是肽更优的证据。