仅更换随机种子,默认对接流程的入选化合物就会变化
- 这项单靶点审计在LIT-PCBA的MTORC1上,用少量配体重复运行AutoDock Vina默认流程,每次只改变随机种子、搜索盒位置或质子化形态。
- 更换种子和平移搜索盒会替换排名靠前的部分化合物,而更换质子化形态则没有影响;变动集中在少数几个配体上。
- 多个种子的多数表决使计算量成倍增加,结果仍与每一次单独运行不一致。
- 作者强调,这只衡量可重复性,并不能说明结果正确。
💡 要点 基于摘要的观点
重复多次后的多数表决仍与每一次单独运行不一致,说明入选名单有一部分取决于随机种子,任何一次运行(乃至表决结果)都算不上稳定的基准。这对把一次默认Vina运行直接当作入选名单的人是个提醒。质子化形态不影响结果让人放心,但这只是单一靶点和小规模配体集,而且可重复并不等于正确。较稳妥的做法是多次重复运行,把排名不稳定的少数配体交给人工复查。