在统一力场下比较四种主流炼金术自由能计算引擎,标准基准上的精度在统计上相当
- 通过统一的输入生成流程,Amber、GROMACS、OpenMM 和 BLaDE 四种自由能计算引擎可使用相同的蛋白和配体力场计算相对结合自由能。
- 比较采用了广泛使用的同系列配体转化基准集以及两个额外应用案例,并与实验测量结果对照。
- 四种方法均能重现实验趋势,精度总体相近且无显著差异,因此引擎选择可依据通量、可移植性和扰动网络设计等工作流需求。
💡 要点 基于摘要的观点
各引擎精度相当,更多说明上限由共用的力场和体系准备决定,而非积分器。况且这种常用基准恰恰是各引擎调得最充分的地方。更公平的检验,是拿自己已知结果的同系列化合物来跑,包括电荷变化或骨架跃迁的边,并比较重复计算之间的一致性。