生成模型Cadense可在数秒内产生抗体Fv构象系综，取代需耗时数天的分子动力学模拟
- Cadense是一种生成模型,仅凭序列即可采样多样的抗体Fv结构,训练时参考了分子动力学中观察到的运动。
- 将生成的系综与MD得到的构象分布和生物物理性质分布进行比较,生成时间由数天缩短至数秒。
- 系综可同时涵盖同一抗体的未结合态与抗原结合态,并可作为基于物理的对接输入;证据来自计算而非实验验证。
💡 要点 基于摘要的观点
若训练数据本身就是MD，与MD分布吻合便是很低的门槛。更能说明问题的是，Cadense能否复现长时间模拟也很少触及的CDR-H3状态，以及面对与训练集差异较大的抗体表现如何。由于没有报告实验验证，在信任系综对接之前，应先用按序列划分的apo/holo结构配对集做测试。
Rapid generation of antibody conformational ensembles using machine learning ↗