基于晶体结构配对的骨架跃迁基准:无需对接即可评估
- 利用PDB中结合同一口袋、骨架不同的配体对构建基准,通过晶体结构叠合,看参考蛋白接触是否得以保留来评价骨架跃迁,无需对接。
- SV-Hop整合了大规模核心替换规则库、性质与可合成性约束,以及学习得到的接触排序模型。
- 评估为回顾性:优于基于性质、二维相似性和随机的基线,但按靶点整体划分数据时,优势明显缩小。
- 同时公开了一组前瞻性验证化合物。该文为预印本,尚未经同行评审。
💡 要点 基于摘要的观点
最该盯的是按靶点留出后性能的下降:共享同一口袋的PDB配体对容易造成数据泄漏,排序模型可能只是记住了熟悉家族的接触模式。接触保留本身也只是代理指标,说明不了骨架跃迁后活性能否保持。采信之前,先在我们自己的系列上跑一遍,并把合成出的化合物与实测活性对照。