挖掘文献,绘制药物化学家常互相替换的取代基关系图
- 将出现在作用于同一靶点的相关化合物相同位置上的取代基对视为生物电子等排体,并把这些配对连接成可互换基团的网络。
- 数据来自药物化学文献中报道的化合物;方法依赖于匹配分子环境中的共现,而非相似性或性质描述符。
- 该网络反映化学家实际做过的取代,并能发现鲜为人知的替换;它以免费网络工具形式提供,文中未描述实验验证。
💡 要点 基于摘要的观点
共现挖掘反映的是化学家做过什么,而不是什么有效:论文多报告成功案例,网络因此继承了发表偏倚,对替换后的活性断崖或ADME变化也无从说明。作为超越Topliss式决策树的点子来源有价值,但要用在我自己的系列上,我更想看到按实测活性差而非出现频率排序的配对。
📄 原论文 · Journal of Chemical Information and Modeling (ACS) ↗ A Cheminformatics Analysis of Substituents in Bioactive Molecules and Their Bioisosteric Replacement Network