以可解释的类药性与亚结构条件引导扩散模型,实现可控的分子图生成

  • GCMDiff不使用SMILES字符串,而是以原子对和化学键为中心的图表示来生成分子,从而显式表达拓扑结构。
  • 扩散过程由可解释的条件引导,包括原子数、五规则相关性质,以及来自Checkmol、PubChem和Rings in Drugs描述符的亚结构特征。
  • 文中报告了针对生成分子的基准实验;但订阅摘要被截断,基准之外的验证以及与其他生成模型的比较均未说明。
💡 要点 基于摘要的观点

以五规则性质作条件,是最没意思的一个旋钮;我们项目卡住的是活性和合成,而不是logP。亚结构条件只有在能稳定落实片段或药效团约束时才有价值。既没有前瞻性的合成或实验数据,与现有图扩散模型的基线对比也不清楚,我无法判断它是否胜过SMILES生成器加过滤器的做法。有没有公开代码,决定我会不会去试。

GCMDiff: a condition-guided diffusion framework for pharmacophore-fragment drug discovery and target-specific molecular design ↗