M-FRAG将分子与片段对齐到共享嵌入空间,以属性相关片段引导强化学习进行分子组装
- M-FRAG把分子和片段对齐到同一个嵌入空间,按片段与母体分子的关系及其在不同属性值上的分布来组织片段。
- 靠近属性相关区域的片段被优先选用,并用于引导基于强化学习的分子组装。
- 在五个基于对接的多目标优化任务上进行计算评估,相比基线获得更多新颖命中分子和更好的顶部对接评分,同时保持新颖性与化学有效性;未做实验验证。
💡 要点 基于摘要的观点
这里唯一的奖励是对接评分,而生成模型素来擅长钻评分函数的空子,所以更高的顶部评分并不能说明真有结合物。值得追问的是:在相同采样预算下,属性感知的片段选择是否真的优于简单的片段频率先验。用另一种方法或自由能计算重新评估这些命中分子,再加上可合成性检查,才能看出它的真实价值。
Aligning Molecules and Fragments in a Shared Embedding Space for Property-Aware Fragment Selection ↗