以带符号的 ECFP 差值表示反应:模板适用性的快速预过滤与反应分类
- 反应被表示为计数型 ECFP 中产物减去底物的差值;对 ECFP 兼容的模板,应用反应会使指纹平移一个常量,图变换因此对应于指纹空间中的平移。
- 反应中心 ECFP 编码模板所需的局部环境,可按坐标快速预判模板是否适用。
- 在 USPTO-50k 和 MetaNetX 反应上、跨不同 ECFP 半径的评估表明,两种表示都能为反应类别和酶类别分类提供信息,且反应中心 ECFP 提供了反应 ECFP 之外的信息。
💡 要点 基于摘要的观点
实际价值在于廉价的适用性预过滤:基于模板的规划和通路搜索把大量时间耗在根本无法匹配的模板上,而它能在子图匹配之前先剪掉这些模板。USPTO-50k 分类已接近饱和,我不会过度解读。把它接入现有的模板式规划器并测量误拒率,因为悄悄丢掉有效模板的预过滤器会让路线丢失。