AlphaPPM、AlphaFoldモデルの一回膜貫通タンパク質を脂質二重膜内に配置
- AlphaPPMは、AlphaFoldモデルから一回膜貫通タンパク質を見つけ出すパイプライン兼ウェブサーバーである。低信頼度領域とシグナル配列を除去してドメインを分割し、PPMとFMAPの手法で膜に対する向きを決める。
- 18生物種の単一貫通型タンパク質の完全なセットに適用し、手作業によるキュレーションと相互検証を行っている。
- 得られたMembranomeXには、機能クラスやファミリーに分類された約17,000の配向済みモデルと複合体データが収録され、既存データベースにない単一貫通型タンパク質も含まれる。
💡 ポイント アブストラクトに基づく見解
一回膜貫通タンパク質は、膜ドッキングやMDのセットアップで扱いにくい部類である。仮定する傾きや疎水性厚みによって、細胞外ドメインの配置が妥当かどうかが変わるからだ。信頼して使う前に、配向済みモデルを実験構造やOPMのエントリーと比べてどの程度一致するかを確かめたい。また、AlphaFoldが出すのは静的な単一コンフォメーションなので、リガンド結合時に構造が変わりうる受容体型ターゲットでは注意が必要だ。
📄 原論文 · Journal of Chemical Information and Modeling (ACS) ↗ Proteome-Wide Identification and Membrane Positioning of Single-Pass Membrane Proteins Using AlphaFold Models