AlphaPPM 将 AlphaFold 单次跨膜蛋白模型定位到脂质双层中
- AlphaPPM 是一个流程兼网络服务器,可从 AlphaFold 模型中识别单次跨膜蛋白。它先去除低置信度区域和信号序列并拆分结构域,再借助 PPM 与 FMAP 方法确定其相对膜的取向。
- 该方法应用于 18 种生物的完整单次跨膜蛋白集合,并辅以人工审校和交叉验证。
- 由此建成的 MembranomeX 收录约 17,000 个已定向模型,按功能类别和家族归类并附复合物数据,还包含现有数据库中缺失的单次跨膜蛋白。
💡 要点 基于摘要的观点
单次跨膜蛋白在膜环境对接和MD建模中往往是难处理的情形,因为所假设的倾角和疏水厚度会决定胞外结构域的摆放是否合理。在信任这些定向模型之前,我想先看它们与实验结构或OPM条目的吻合程度。另外,AlphaFold只给出单一静态构象,对于配体结合后构象可能改变的受体型靶点需要格外留意。
📄 原论文 · Journal of Chemical Information and Modeling (ACS) ↗ Proteome-Wide Identification and Membrane Positioning of Single-Pass Membrane Proteins Using AlphaFold Models