药效团引导的扩散模型无需蛋白结构即可生成三维分子
- PharmaDiff 是一种基于扩散的三维分子生成模型,以药效团假设为导向,并由 Transformer 将其编码为原子级特征,适用于结构或功能信息匮乏的靶点。
- 测试显示,其生成分子对指定药效团约束的契合度优于现有的基于配体的设计方法。
- 在针对多种蛋白的基于结构的设定中,即便完全不使用靶标结构,它也获得了更好的对接评分。
💡 要点 基于摘要的观点
一个从未见过口袋的模型却拿到更好的对接评分,这更像是警示而非胜利:对接打分偏爱分子量大、亲脂性强的化合物,所以我会先查输出是否只是比基线更大、更油。放到我自己的项目里,我会在只有配体信息的靶点上对照已知活性分子,看有多大比例是可合成的新骨架,而不是药效团来源配体的近似复制品。
📄 原论文 · Journal of Chemical Information and Modeling (ACS) ↗ Pharmacophore-Conditioned Diffusion Model for Ligand-Based De Novo Drug Design